An der Spitze der kirchlichen Struktur steht die Church of Scientology International (CSI), die Mutterkirche von Scientology. Die CSI mit Sitz in Los Angeles sorgt für die umfassende Leitung, Planung und Führung des gesamten Netzwerks von Kirchen, Missionen und Feldauditoren, die die Scientology-Hierarchie ausmachen. Sie stellt sicher, daß diese verschiedenen Organisationen alle effektiv zusammenarbeiten.

Die CSI plant und koordiniert die Expansion von Scientology in großem Rahmen. Diese Planung wird dann von den verschiedenen Netzwerken von Organisationen ausgeführt, die die Kirchenleitung auf kontinentaler Ebene bilden.